Дата создания школы — 01 сентября 1967 г. (выписка из приказа от 11 сентября 1967 г. Управления культуры исполкома Моссовета).
В соответствии с распоряжением Исполкома Моссовета № 2316 от 2 сентября 1967 года, в целях дальнейшего расширения сети детских музыкальных и художественных школ в г. Москве приказано открыть Детскую художественную школу № 3 в Дзержинском районе с контингентом учащихся 30 человек на базе общеобразовательной школы № 265 по адресу: ул. Маши Порываевой, д.3.
В соответствии с Постановлением Правительства Москвы от 17.07.2001 г. № 644-ПП и приказом Комитета по культуре по культуре города Москвы от 02.08.2001 г. № 374 школе присвоено имя В.А.Ватагина с наименованием «Государственное образовательное учреждение города Москвы «Детская художественная школа имени В.А.Ватагина».
В соответствии с приказом Комитета по культуре города Москвы от 24.04.2006 г. № 225 школа переименована в Государственное образовательное учреждение дополнительного образования детей города Москвы «Детская художественная школа имени В.А.Ватагина».
Школа переименована в Государственное бюджетное образовательное учреждение дополнительного образования детей города Москвы «Детская художественная школа имени В.А.Ватагина» приказом Департамента культуры города Москвы от 27.09.2010 г. № 599.
ГБУДО г. Москвы «ДХШ им.В.А.Ватагина» ведет образовательную деятельность на основании лицензии № 037743 от 08 августа 2016 года. Учреждение расположено в отдельно стоящем здании по адресу: 129110, г. Москва, ул. Средняя Переяславская, д. 7/2, стр. 1, район «Мещанский» ЦАО, общей площадью: 1055,9 кв. м. на основании права на оперативное управление.
В настоящее время это хорошо сбалансированное образовательное учреждение с контингентом обучающихся на бюджетной основе — 330, на платной основе — 380.
В школе реализуется дополнительная общеобразовательная программа в области искусств «Живопись» двух видов: предпрофессиональная и общеразвивающая. Также работают факультативы «Компьютерная графика», «Цифровая фотография», «Линогравюра», «Гончарное дело», «Анатомические наброски», «Монументально-декоративное искусство». По субботам и воскресеньям работают группы дошкольного и подготовительного отделения.