История Поликлиники №2 Минэкономразвития началась в 50х годах прошлого столетия. Она прочно связана с историей нашей страны, начиная от СССР и заканчивая современной Россией. В 1946 году при Министерстве внешней торговли СССР (МВТ СССР) была создана Поликлиника МВТ, а в 1957 году при Государственном комитете СССР по внешнеэкономическим связям (ГКЭС СССР) Поликлиника ГКЭС.
Обе поликлиники обслуживали сотрудников данных учреждений и членов их семей. Долгое время Поликлиника ГКЭС СССР была расположена в историческом центре Москвы, в здании церкви Рождества Богородицы «на Кулишках, на Стрелке», расположенном на углу улицы Солянка и Подколокольного переулка, по адресу ул. Солянка, д.5/2. А Поликлиника МВТ находилась по адресу Новая площадь, д.14, напротив Политехнического музея, в двух шагах от Красной площади. В декабре 1985 года Поликлиника МВТ переехала в новое, специально построенное и оснащенное современным импортным медицинским оборудованием здание по адресу Ломоносовский проспект, д.43. В 1988 Министерство внешней торговли СССР было объединено с ГКЭС СССР.