На протяжении многих лет больница традиционно развивает органосохраняющую хирургию при опухолях костей, легких, молочной железы, почек. Разработаны и внедрены в практику многие оригинальные варианты операций на пищеводе, органах панкреатодуоденальной зоны, гортани и глотке. Широко используются аутотрансплантации тканей пациента при закрытии обширных дефектов, для замещения удаленных фрагментов или целых костей, пластического восстановления молочной железы.
За одну из многих операций удаления пораженных раковой опухолью гортани и глотки с частью пищевода и восстановлением дефекта пищеварительного тракта сегментом тонкой кишки на микрососудистых анастомозах с одномоментным голосовым протезированием Московская городская больница №62 в 2011 году награждена премией "Призвание" за уникальную операцию, спасщую жизнь больного.
Отделения опухолей опорно-двигательного аппарата и реконструктивной и пластической онкологии являются уникальными в системе городского здравоохранения. Широкое внедрение в клиническую практику пластических и реконструктивных методик позволяет не только излечить пациента от злокачественной опухоли, но и снизить степень инвалидизации, значительно улучшив качество его жизни.
Одной из первых в московском практическом здравоохранении больница №62 стала широко внедрять в практику лечения онкологических заболеваний лапароскопическую и торакоскопическую технику, эндоваскулярные вмешательства, современные методики химиотерапии с использованием внутривенных портов и длительных внутривенных инфузий.
Сегодня в Московской городской онкологической больнице трудятся 44 кандидата медицинских наук, 5 докторов и 2 профессора, большинство из которых защитили диссертации, работая в учреждении и имея доступ к уникальному клиническому материалу. Многие врачи являются авторами научных работ, соавторами фундаментальных коллективных трудов, в том числе атласов, практических руководств и учебников.
Число пролеченных пациентов в 2015 году составило более 14 000, выполнено более 6 500 операций.